Lettre d’Actualités ASEPT

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Les critères microbiologiques  Règlement (CE) n°2073/2005 de la Commission du 15 novembre 2005 concernant les critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires Critères microbiologiques de la législation communautaire permettant d'évaluer la sécurité et la qualité des aliments. Evaluation des critères micobiologiques des aliments d'origine animale utilisés dans l'alimentation humaine. Document de la Commission Européenne du 23/09/1999. Revue des critères microbiologiques des produits alimentaires au sein de l'UE Principes pour l'établissement et l'application de critères microbiologiques des aliments - CAC/GL 21-1997 Principes et lignes directrices pour la conduite d'une appréciation microbiologique des risques - CAC/GL 21-1997 An Evaluation of the Role of Microbiological Criteria for Foods and Food Ingredients (1985) Source d'informations sur les critères microbiologiques au travers différents pays. Base de données préliminaires des critères microbiologiques sur un tableur (fichier Excel) Food Standards Code : Guide des normes microbiologiques des aliments utilisées en Australie et Nouvelle-Zélande

Evaluation du risque microbiologique dans les aliments : dossier de l'OMS très conséquent et actualisé sur le sujet. Page de la FAO, presque équivalent au lien précédent, sur l'évaluation des risques microbiologiques dans les aliments. Evaluation des risques microbiologiques présentés par les denrées alimentaires : approche internationale. Document FAO (texte en anglais et résumé en français)  

Microorganisms in Foods 2: Sampling for Microbiological Analysis: Principles and Specific Applications is the only comprehensive publication on statistically based sampling plans for foods. 2nd ed. (1986). Toronto: University of Toronto Press. Document de l'ICMSF disponible en copie libre. Plan d'échantillonnage microbiologique : un outil pour explorer les recommendations ICMSF. Ce document (excel) calcule les probabilités de produits conformes avec les differentes charges microbiennes mises en oeuvre (disponible en copie libre)

Bad Bug Book : Tous les pathogènes alimentaires connus. Voir aussi : 1. avec une information mise à jour et complète sur les méthodes de caractérisation et d'identification. Voir aussi les micro-organismes qui posent problème.

Avis du Conseil national de l'alimentation en date du 25 juin 2002 sur le projet de décret relatif aux laboratoires nationaux de référence, à l'agrément et la reconnaissance des laboratoires d'analyses et à l'épidémiosurveillance.

Antibiotiques ou antimicrobiens et résistance aux antimicrobiens Résistance aux antibiotiques : Opinion du comité scientifique européen sur la résistance aux antibiotiques Document intitulé "la voie pour la moindre des résistances" (The path for least resistance). Code d'usage prudent des antibiotiques en médecine vétérinaire. Document de l'AFSSA-ANMV Sécurité alimentaire : L'utilisation des antibiotiques en agriculture et ses conséquences sur la santé humaine, document Verbatim de la Conférence Internationale sur la Résistance aux Substances Antimicrobiennes(mardi 20 juillet 1999), 128 pages L'utilisation et la mauvaise utilisation des antibiotiques en agriculture au Royaume-Uni : 1 et 2 NARMS (National Antimicrobial Resistance Monitoring System) : réseau de surveillance de la résistance aux antibiotiques de différents pathogènes. La résistance antimicrobienne dans la chaîne alimentaire : document anglais Les antibiotiques : Historique, Avantages, Risques liés à l'utilisation en agriculture, L'apparition de bactéries résistantes, Conséquences d'une interdiction, Solutions alternatives. Les infections nosocomiales : Comprendre les infections nosocomiales , Statistiques et cadre de l'action, Données et documents (Documentation,réglementation,adresses, autres sites), Actualités, Lexique 100 recommandations pour la surveillance et la prévention des infections nosocomiales. Les antimicrobiens chimiques. OIE : Consultation internationale sur la résistance aux antimicrobiens : Standardisation et harmonisation des méthodes de laboratoires utilisées pour la détection et la quantification de la résistance aux antimicrobiens. La maîtrise de la résistance antimicrobienne. Rapport 2000 sur les maladies infectieuses. Message du Directeur Général de l'OMS. Communiqué de presse de l'OMS/41 : Les progrès de la médecine menacés par la pharmacorésistance. Les maladies guérissables - de l'angine ou de l'otite à la tuberculose ou au paludisme risquent de devenir incurables. L'accroissement de la pharmacorésistance, selon un nouveau rapport, pourrait priver le monde des moyens de guérir les maladies et d'arrêter les épidémies. Il faut utiliser mieux et plus largement les outils dont nous disposons contre les maladies infectieuses. Page du CDC sur la résistance antimicrobienne. Antimicrobial Resistance: An Ecological Perspective" (2000). Document de l'ASM Global Strategy for Containment of Antimicrobial Resistance, WHO/CDS/CSR/DRS/2000.1-DRAFT : Résumé et rapport complet Etude de la résistance des bactéries aux antibiotiques : une priorité pour l'INRA. Impact de la résistance aux antimicrobiens sur l'industrie porcine. Le groin dans la science. Journée de recherche en production porcine, 27 octobre 2000 Résistance aux antimicrobiens - Perspectives actuelles et Politiques sur les antibiotiques en production ltitière pour la Norvège et la Suède. Interventions au colloque sur la recherche en production laitière, 27-28 janvier 2000 La résistance bactérienne aux antibiotiques en France : une priorité en santé publique. Eurosurveillance 2000; 5: 135-8. National Antimicrobial Information Network (NAIN). Recommandation du Comité de l'antibiogramme de la Société Française de Microbiologie. Communiqué 2000-2001 Portail sur la résistance anti-microbienne en médecine vétérinaire. Antimicrobial Drug Use and Veterinary Costs in U.S. Livestock Production. Document USDA-ERS, mai 2001 Overcoming on antimicrobial resistance. Document 2000 de l'OMS. La résistance antimicrobienne vue par l'UE. Lignes directrices de l'OIE sur l'antibiorésistance : méthode d'analyse des risques, usage prudent des antibiotiques en médecine vétérinaire, surveillance des quantités d'antibiotiques utilisées en élevage, harmonisation des programmes de surveillance nationaux, standardisation et harmonisation des méthodes de laboratoire L'utilisation des antimicrobiens en dehors de la médecine humaine et les résistances qui en résultent chez l'homme. Aide-mémoire de l'OMS n°268 La nécessité d'améliorer l'usage des antimicrobien en agriculture : conséquences sur l'écologie microbienne et la santé chez l'Homme. Numéro spécial de la revue Clinical Infectious Diseases, 1 June 2002, Volume 34 Supplement 3. Ce numéro spécial a été élaboré à l'initiative de l'APUA (The Alliance for the Prudent Use of Antimicrobials) Méthodes & Procédures d'un laboratoire de microbiologie pour les essais antimicrobiens. WHO Global Principles for the Containment of Antimicrobial Resistance in Animals Intended for Food (De la maîtrise de la résistance aux antibiotiques chez l'animal servant ensuite d'aliment pour l'Homme)

 

Désinfection et désinfectants (biocides) Site sur le dioxyde de chlore dans le traitement de l'eau et la désinfection : 1. Hypochlorites et eaux de Javel : unités de concentration et préparation des solutions désinfectantes. Site intéressant mais il ne faut pas perdre de vue la difference d'activité entre in vitro et in vivo. Attention à l'effet "crasse propre". Hypochlorites et chlore. Le chlore comme désinfectant : 1 et 2. Désinfectants : dioxyde de chlore (chlorine dioxide) ClO2 et l'eau oxygénée (H2O2) ou peroxyde d'hydrogène, eau de Javel, . Recommandations en matière de techniques de sterilisation (document de 1993). Site de Lennetch : spécialiste deu traitement de l'eau et de l'air. Eau potable et désinfection de l'eau au Canada (documents en français). Les normes européennes sur les antiseptiques et les désinfectants chimiques Les antiseptiques Directive 98/8/CE du Parlement européen et du Conseil du 16 février 1998 concernant la mise sur le marché des produits biocides ECB (European Chemicals Bureau) : Site dédié à la mise en application de la directive relative aux biocides (site entièrement en anglais sauf un "slide show" en français). Une sélection de quelques désinfectants chimiques. OMS (Environmental Health Criteria 216) : Disinfectants and Disinfectants By-Products. Document de l'IPCS (International Programme on Chemical Safety). Différentes familles de désinfectants sont passées en revue : chimie des désinfectants, toxicité, eau potable, estimation des risques, études épidémiologiques. Liste positive Désinfectants 2000 établie par la Société Française d'Hygiène Hospitalière Recommandations de bonnes pratiques d'utilisation des antiseptiques et des désinfectants en milieu hospitalier. C.CLIN Paris-Nord - Mai 2000 Catalogue officiel français sur internet des produits phytopharmaceutiques et de leurs usages : classement par usages (cultures, parasites ...), produits phytopharmaceutiques, substances actives, société. Les générateurs d'ozone qui sont commercialisés comme épurateurs de l'air : une estimation de leur efficacité et les conséquneces sur la santé. ProdHyBase répertorie les désinfectants du domaine de la médecine humaine, les produits pour mains et les matériels qui leur sont liés. La base inclut uniquement des produits commercialisés en France, dans les secteurs hospitalier et dentaire

 

Les Ultra-Violets Study of the Response of a Biofilm Bacterial Community to UV Radiation (1999) Bacterial Responses to Ultraviolet Light UV Light and Antibiotic Resistance Une place au soleil (A place in the sun) De l'utilisation des UV dans le traitement des jus de fruits et de végétaux. Document de la FDA. Les dangers des U.V.

Biofilms Le site du Center for Biofilm Engineering fait autorité sur la question avec des références récentes et des résumés d'articles classés par thèmes (très pratique). Biofilm 2003 (ASM Conference) Center for Biofilm Engineering The Biofilm Club. Sites 1, 2 et 3 (site très humoristique) ainsi que le Biofilm Special Interest Group Page. Vous pouvez aussi vous inscrire à une liste de messages sur les biofilms. Les biofilms en direct aussi sur notre site. Une liste de références sur le sujet par un laboratoire de l'Université de Portsmouth. Dans une certaine mesure, voir aussi le site de Sterilex. Pour aller plus loin, voir Biofouling: le journal de la recherche sur la bioadhésion et les biofilms et le Biofilm Journal. Le Groupe Génétique des Biofilms. Les biofilms ou le vie des microbes sur les surfaces Biofilms : Développement d'une stratégie de défense dans les ateliers alimentaires

 

Microbiologie prévisionnelle CEMMI : Centre of Excellence in Microbial Modeling & Informatics Pathogen Modeling Program : mise à jour de la version 6.1. Le chargement de la version 6.0 est nécessaire au préalable. Poultry Food Assess Risk Model (Poultry FARM) version 2.0 : modèles prédictifs et de simulation de la croissance de pathogènes dans les produits à base de vollailles. MicroFit v1.0 : logiciel simple, gratuit et pratique de microbiologie prévisionnelle Calcul de la croissance bactérienne dans des aliments cuits : tableaux permettant de connaître le temps pour des aliments cuits d'être conservés à différentes températures ou avec des combinaisons de températures. Liste de modèles disponibles ComBase, Common database sur la Microbiologie prévisionnelle : 1 et 2

Les méthodes en microbiologie Glossaire des bouillons, géloses et autres réactifs des milieux de culture Compendium en français de méthodes officielles pour l'analyse microbiologique utilisées par la Direction Générale des Produits de Santé et des Aliments(GPSA), Volume 1, Volume 2, Volume 3, Volume 4 (Santé Canada). Le BAM ou Bacteriological Analytical Manual (janvier 2001) est désormais en ligne. C'est un peu comme si les normes microbiologiques étaient disponibles gratuitement en ligne en France. Faut pas rêver ! Microbiology Laboratory Guidebook. Guide des méthodes de l'inspection sanitaire américaine (FSIS) de l'UDA pour la viande, les volailles et les ovoproduits. Liste des méthodes régulièrement mise à jour. Manuel suisse des denrées alimentaires : Chapitre 56 - Microbiologie SYDIALE (Syndicat des industries du diagnostic en agriculture, agro-alimentaire et environnement). Sur ce site des informations sur les techniques d'analyse proposées et classées aussi par contaminant. Quantification des incertitudes des mesures analytiques (Quantifying Uncertainty in Analytical Measurement, deuxième édition, 2000) Liste des méthodes de détection des micro-organismes pathogènes ou non, les méthodes rapides et la détection par ATPmétrie. Base de données de l'AOAC concernant les kits, milieux et réactifs pour la recherche de micro-organismes : Aspergillus spp., Bacillus cereus, Bacteries (gram positif) Bacteries (gram négatif), Flore totale, Campylobacter, Coliformes, Cryptosporidium, E. coli, Enterobacteries, Helicobacteri pylori, Legionella, Listeria, Pseudomonas, Salmonella, Staphylococcus, Vibrio, Levures, Yersinia. Liens sur des méthodes dites rapides en microbiologie (très documentés) : 1, 2.

Fiches microbiologiques de l'AFSSA sur différents micro-organismes d'intérêt.

Document FDA et IFT. Cinétiques d'inactivation de micro-organismes pour différentes technologies classiques et aussi des technologies alternatives de transformation alimentaire : hautes pressions, micro-ondes, lumière pulsée, chauffage ohmique, ultra sons, U.V., etc. Document très bien fait avec un nombre important d'informations.
Quelques paramètres critiques pour la maîtrise de certains pathogènes alimentaires : pH, T°C, aw, Temps de doublement, valeurs de z et de D : 1, 2
Facteurs conditionnant la croissance de micro-organismes pathogènes : Température, pH, Aw, Temps de doublement, valeur de D

Aw resource page. Beaucoup d'informations sur cette grandeur physique.
L'activité de l'eau dans les aliments (en anglais)

 Détermination des cinétiques de destruction des micro-organismes dans les aliments basée sur des paramètres scientifiques. Un fichier excel est joint pour faciliter le travail.

Formation à la Microbiologie Le Monde des Microbes : portail ouvert vers ce monde à la fois étranger et pourtant si proche de nous. Site très didactique, notamment pour les jeunes, et professionnel réalisé avec la collaboration de l'ASM (American Society for Microbiology). Cours de microbiologie (Fundamentals of Microbiology) et son chapitre sur la microbiologie alimentaire. Autre site mais avec un glossaire avec recherche par mot-clé et une base de données sur des bactéries. Si vous êtes plus Microbiologie des produits laitiers, voyez ce site de l'Universite de Guelph (Ontario, Canada). Cours de microbiologie sur la taille des micro-organismes, la coloration des bactéries et leur croissance. Autre Cours de Microbiologie : Taxonomie, Classification, Nomenclature, Identification en laboratoire Cours de Microbiologie alimentaire (Université du Kentucky, Lexington) Photographies en couleurs (microscopie électronique à balayage) de différents micro-organismes. UCI MedWeb : cours de bactériologie, immunologie, mycologie et de virologie. Livre de Microbiologie clinique mais comportant de nombreux chapitres de pathogènes alimentaires : 1, puis changer le numéro du chapitre pour avancer. Site sur les microbes et leur environnement, c'est-à-dire l'écologie microbienne sans oublier le "microbe zoo". microbes.info : portail très bien fait et riche de liens. Base de travail très utile.

Classification des agents biologiques pathogènes des groupes 2, 3 et 4 : les bactéries, les virus, les parasites, les champignons.

BERGEY 's Manual : Le Livre de chevet de tout microbiologiste se trouve sur le web ou du moins ce que l'on veut bien nous en montrer.
Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme. Liste des noms des bactéries avec leur place dans la nomenclature (List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature). J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
 

Sites sur Escherichia coli Escherichia coli entérohémorragique (EHEC) : fiche microbiologique de l'AFSSA. E. coli Index E. coli O157:H7 par le CDC d'Atlanta Escherichia coli O157:H7 and Other Shiga Toxin-Producing E. coli Strains : titre d'un ouvrage de 490 pages édité par l'ASM et disponible sur le web. Nouvelle méthode rapide de détection de E. coli O157:H7 Les Escherichia coli pathogènes : EHEC, EPEC, ETEC, EIEC, EAggEC, UPEC, NMEC Enterohaemorrhagic Escherichia coli : document de l'OMS Document sur Escherichia coli O157:H7 ( OMS, n°125, Juillet 1996 ) Surveillance des infections à E. coli entérohémorragiques (EHEC) et du syndrome hémolytique et urémique (SHU) en Europe. Escherichia coli O157:H7 producteur de vérotoxine : Documents 1 et 2 du PHLS. E. coli producteurs de toxines, les infections alimentaire et leur prévention : document de l'IFST Tous les Escherichia coli pathogènes : EHEC, EPEC, ETEC, etc. Escherichia coli O157:H7 and Other Shiga Toxin-Producing E. coli Strains : titre d'un ouvrage de 490 pages édité par l'ASM et disponible sur le web. E. coli Reference Center : site sensé référencer toutes épidémies à E. coli Les infections à Escherichia coli entérohémorragiques (verocytotoxin-producing E. coli), le point de 1996 à avril 1998 au Japon. Article récent (32/08/1998) de 4 pages sur Escherichia coli O157:H7 et les autres souches pathogènes de E. coli. Syndromes hémolytiques et urémiques en France. Epidémiologie et agents responsables. Approche épidémiologique. Surveillance du Syndrome Hémolytique et Urémique en France, 1995-1997. Diagnostic des infections à Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC). Enquête auprès des laboratoires hospitaliers de bactériologie. Rapport rédigé par Henriette de Valk et Bénédicte. Résumés d'articles sur E. coli (document de 1996). Escherichia coli Part I et II : Clinical perspective Causes de l'épidémie à E.coli O157:H7 au Japon de mai à août 1996. Epidémie à E. coli O157, Royaume-Uni (Ecosse) WER, Vol.72, No.3, pp14-15, 17 January 1997 Enterohaemorrhagic Escherichia coli infection, Japan, WER, Vol.71, No.35, pp 267-268, 30 Aug.1996 Enterohaemorrhagic Escherichia coli infection, Japan (WER, Vol.71, No.30, pp 229-230, 26 July 1996 Prévention des infections à E.coli O157:H7. Une responsabilité partagée (document irlandais de 70 pages) Différentes brochures sur E. coli O157 en provenance d'Irlande. Lignes directrices sur les produits de boeuf haché cru qui contiennet E. coli O157:H7 The National Foodsafety Database (USA) : liste de liens Infection sporadique causée par une souche d'Escherichia coli O157 entérohémorragique. Eurosurveillance 1999; 4: 107-8. Escherichia coli O157:H7 et les autres souches pathogènes de E. coli . Document du Hospitality Institute of Technology and Management. Résumé du 2e Symposium International du Groupe européen d'étude sur les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC). Le troupeau comme source de E. coli O157:H7 E. coli O157:H7 par l'Universite de Guelph (Ontario, Canada) Detection, Isolation, and Identification of Escherichia coli O157:H7 and O157:NM (Nonmotile) from Meat Products (FSIS) Liste de liens sur E. coli (à partir de Yahoo !) VTEC : site japonais (anglais) ssur l'épidémiologie des souches productrices de vérotoxines, O157, etc., avec des mises à jour régulières. International VTEC/STEC Club (IVC) : Verocytotoxin (Shiga-toxin) producing Escherichia coli (VTEC or STEC). VTEC 2000 : 4th International symposium and workshop on "Shiga Toxin (Verocytotoxin) producing Escherichia Coli infections" 29 octobre - 2 novembre 2000, Kyoto, Japan. Les infections à E. coli et les visiteurs de ferme. Arrêter la propagation : Il existe plusieurs façons simples d'arrêter la propagation de E. coli. Document en français. Liste de 28 kits de détection de Escherichia coli O157:H7. Ligne directrices pour la maîtrise de E. coli producteur de vérotoxine (VTEC) Action concertée (CT98-3935) sur les VTEC en Europe. Escherichia coli : une espèce bactérienne sans frontières.Dossier de presse de l'INRA, SIAL 2000 Comptes-rendus de la conférence sur "Epidemiology of VTEC" et du Workshop sur les méthodes de typage des VTEC, du 8 au 10 février 2001. E.coli O157 : Rapport d'une "task force" sources de E.coli O157, les risques et les mesures pour éviter ou réduire l'exposition à l'agent infectieux Vidéo sur E. coli O157 avec une interview de M.P. Doyle (E. coli Wars). USDA/FSIS (Projet). Evaluation des risques de l'impact sur la santé publique de E. coli O157:H7 dans la viande de boeuf Le colibacille Avis de l'Agnce sur les caractéristiques à retenir pour considérer qu'une souche d'Escherichia coli vérotoxique est potentiellement pathogène pour l'homme. Effet réducteur des probiotiques sur l'incidence de E. coli O157:H7 dans les troupeaux Escherichia coli O157:H7 in Ground Beef: Review of a Draft Risk Assessment (2002). Livre accesible en ligne et publié par The National Academy Press (USA). Avis sur les VTEC dans les aliments (adopté par le Comité scientifique européen le 21-22 janvier 2003) The Escherichia coli O157:H7 Phage Project Bilan des connaissances relatives aux Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) - 24/07/2003. Source AFSSA